В настоящее время Богоявленский собор является главным действующим храмом Вышнего Волочка, одной из основных достопримечательностей города. В иконостасе и киотах в храме сохранились иконы XVII-XVIII вв.: Иверская, Выдропужская, «Скоропослушница», «Утоли моя печали», «Всех скорбящих Радость», резной образ Николы Можайского (XVI в.). Здесь находится одна из главных, особо почитаемых местных святынь — список чудотворной Казанской иконы Божией Матери, покровительствующей Вышнему Волочку. Верующие молятся также у икон святых преподобных Сергия Радонежского и Серафима Саровского, святых мучениц Веры, Надежды, Любови и матери их Софии, священномученика Пантелеймона, святых Царственных Мучеников, новомучеников Тверских, священномученика Владимира Мощанского. Сохранилась замечательная настенная живопись академического письма XIX в., обновлённая тверскими иконописцами-реставраторами. В храме ежедневно проходят уставные богослужения, сопровождаемые пением певчих церковного хора, совершаются молебны, крещения, венчания, панихиды.
Собор находится в центре города. Поблизости от храма находится большинство историко-культурных объектов Вышнего Волочка
.